有媒體報導在馬太鞍溪堰塞湖災害中，「專業團隊已完成沖刷力道與影響範圍的內部模型，但這份資料沒被公開」導致民眾傷亡。內政部再次澄清，9月21日下午3時中央災害應變中心召開「馬太鞍溪堰塞湖疏散撤離研商會議」，由內政部邀請參與評估的台灣大學、陽明交通大學團隊提供情資研判及戶籍套繪，推算出應疏散撤離戶數共1,800戶，並明確劃定三鄉鎮警戒範圍；下午6時召開的第三次工作會報中，請萬榮、鳳林、光復鄉鎮公所確認撤離人數。22日9時召開第四次工作會報農業部建議再增加37戶，最終確認1,837戶為需撤離對象，後續由國防部協助縣府和三鄉鎮公所執行異地或垂直預防性撤離。 農業部林保署也於22日上午再發布紅色警戒通報單，當天上午6時開始，持續透過細胞簡訊、電視和廣播插播通知民眾撤離，花蓮當地也出動警車、消防分隊車輛巡邏廣播。 內政部說明，9月21日下午「馬太鞍溪堰塞湖疏散撤離研商會議」與會者包括內政部、農業部、交通部中央氣象署等中央部會，協助評估的台灣大學、陽明交通大學團隊，地方政府則有花蓮縣政府秘書長、消防局長、社會處長、農業處長、警察局長等人員，以及光復鄉公所民政課長、鳳林鎮公所秘書和民政課、萬榮鄉公所鄉長和民政課。該次會議決議內容均對外發布，並請相關單位進行撤離工作，並無不公開撤離資訊的情況。
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